A hagyomány szerint Gyergyóremete alapítója Kendeffy Bonifác ferencrendi szerzetes volt, aki Fráter György bíboros, Erdély kormányzója mellett apródi, majd hivatalnoki állást töltött be. 1560 körül, a kormányzó megygyilkolása után Székelyföldre bujdosott, és a mai falu közelében, a Maros bal partja feletti dombon magányosan, visszavonultan élt. Ezért nevezték el az általa alapított falut Remetének. A település első okleveles említése egy 1567-es összeírás, amelyben Gyergyóremete 6 kapuval, mintegy 30 lélekkel szerepelt.

A település első temploma egyes adatok szerint a 16. században, mások szerint a 17. század elején épült, a falu viszont csak jóval később, 1726-ban vált el Gyergyóditrótól és lett önálló egyházközség. Lakosai a székelység minden sorsfordító küzdelmében részt vettek: jelen voltak 1690-ben Thököly Imre fejedelem csapatában, I. Rákóczi György erdélyi fejedelem magyarországi hadjáratában, a tatárok és a törökök elleni harcokban, 1704-ben ott voltak Rákóczi Ferenc kurucai között, majd próbáltak ellenállni a határőrségbe való erőszakos beszervezésnek (1762-64).

Az 1848-49-es magyar szabadságharcnak legalább kilencven remetei katonája volt: őrnagy, százados, hadnagy és közkatona. Ugyanakkor, 1848 őszén az első katonai támadás Remete és Ditró környékén Maros-Torda vármegye felől érte Székelyföldet. Itt több ezer főből álló osztrák, román és 1892. május 28-án a falu középső részében tűz ütött ki, amely mohó gyorsasággal hamvasztotta el csaknem az egész települést. A korabeli híradások szerint több mint ezer épület pusztult el, csaknem 500 család lett földönfutóvá.

Az első hatósági adatok háromezer hajléktalanról szóltak. 1913. augusztus 30-án egy felhőszakadás következtében 116 család 194 épülete ment tönkre és két személy életét vesztette. Elszegényedés, nyomor és nélkülözés jellemezte ebben az időszakban Gyergyóremete lakosságának nagy részét, s a világháború tovább súlyosbította a falu helyzetét. Garda Dezső történész adatai szerint az első világégés első évében több mint 180 remetei személy vesztette életét – nevük a hősök emlékművén áll.

A világháborút követően tovább fokozódott a – remeteiekre korábban is jellemző – kivándorlás mértéke: 1926-1928 között százötven család távozott a községből, majd a negyvenes években a világháború, a szárazság és éhínség következtében ismét több száz család hagyta el Gyergyóremetét és költözött egyrészt Biatorbágyra, másrészt Szászrégen, Marosvásárhely és Szászváros környékére. 1944. őszének székelyföldi harcai Gyergyóremetét sem kerülték el.

Laczkó-Szentmiklósi Endre adatai szerint többek között „a temető vonalán magyar és német katonák aknavetőkkel és közepes tüzérségi tarackokkal lőtték a cengelléri hágót, ahol orosz alakulatok jelentek meg. Megjelentek Remete fölött az angol felderítő repülőgépek, néha megfélemlítő lövéseket adva le. A lakosság fedezékeket (bunkereket) ásott, de sokan elmenekültek a közeli-távolabbi hegyekbe.” 1945 után, Székelyföld többi településéhez hasonlóan, a beszolgáltatások, a kollektivizálás súlyosbította az itt élők helyzetét, ezért egyre többen hagyták el a falut, a földművelést, és vállaltak biztosnak tűnő állami munkát. Gyergyóremete 20. századi történelme még további kutatásra szorul